PHASE-37「雷鳴の闇」
ついにデュランダルとたもとを分かち、ジブラルタル基地をとびだしたアスラン 助けてくれたメイリンを連れ、グフで発進する それを知ったデュランダルは「撃堕を許可する」という冷静な命令を下した レイとともにアスランを追うシンには、迷いがよぎる 本当に彼を撃つのか･･･？ しかし最後にシンが導き出した答えは、デュランダルを肯定するものとなるのか。 再びはじけたシンの”種”がアスランを撃ち落す…！

PHASE-38「新しき旗」
ヘブンズベースに逃げ込んだロゴスメンバーの引渡しを要求するデュランダル。 その勧告期限が迫る中、シンはルナマリアと対峙していた。 愛する者を失う痛みを知るシンは、ルナマリアに誓う。「絶対俺が守るから」と。 そこへ突然地球軍が先制攻撃を仕掛けてきた。 デストロイガンダムの圧倒的力の前に駆逐されていくザフト軍。 しかし、復讐に燃えるシンは、地球軍に傾いた戦闘の流れさえも逆転させてしまうのだった。

PHASE-39「天空のキラ」
プラントに戻ったラクスは、身を隠しつつ”あるもの”を捜していた それはデュランダルの真の思惑を記す手がかりとも言えるものだった そしてついにその断片をてにいれたラクス しかし、キラのもとへもどろうとする彼女の前に、ザフトが立ちふさがった 間一髪のところにあらわれたのが、ストライクルージュで宇宙にあがってきたキラだった。

PHASE-40「黄金の意思」
シンはデュランダルから、ヘブンズベースでの健闘を称えられる。アスラン達を撃った ことを苦悩する弱さを捨て、ひたすら強くあろうと決意するシン。そのとき、ヘブンズベース から独り逃亡したジブリールが、オーブにかくまわれているとの情報が入る。シンの憎悪 の矛先は、オーブへと向かい始めた……。